299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0037 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0044  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 72 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  91.38 
 
 		 324 bp  75.8  0.000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08860  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00968271  normal  0.0225487 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>