169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0031 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0043  tRNA-Arg  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059737 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0044  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>