191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0033 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0044  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0026  tRNA-OTHER  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.826255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0031  tRNA-Asn  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.61738  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000221825  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0028  tRNA-Asn  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>