More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Arg-2 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  92.65 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  92.65 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  92.65 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  91.84 
 
 		 324 bp  65.9  0.000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0058  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0058  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>