More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0008 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0022  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.997438  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0007  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0014  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156388  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0002  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00924229  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0096  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000621353  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0051  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273247  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  95.35 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  95.35 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0042  tRNA-Val  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0060  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.481193  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0037  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000985709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>