256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0034 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>