169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0001 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  123  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  89.83 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  87.18 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  87.18 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  90.74 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  85.9 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  87.88 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  88.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  88.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  96.88 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  96.88 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  87.93 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  84.62 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  87.93 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  89.13 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  87.93 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0069  tRNA-Arg  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140989  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  85.25 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  96.55 
 
 
79 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  96.55 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  86.79 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0023  tRNA-Val  100 
 
 
108 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.423133  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  96.43 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>