298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0037 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0045  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.732814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>