108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_09780 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0083  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09170  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.155256 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0018  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.594748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0029  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0073  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1654  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000253877  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0042  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000949792  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0011  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0012  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0108996  unclonable  0.0000000137138 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>