221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0020 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 75 bp  89.7  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 75 bp  89.7  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0083  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0015  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  86.08 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0645499  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_629  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0012  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.792463  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0053  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.443349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0069  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140989  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09170  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.155256 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>