114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0032 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0091  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0015  tRNA-Arg  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0645499  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0012  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.792463  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_629  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0011  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0234667  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1779  Integrase catalytic region  96.3 
 
 		 1137 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.182461 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0083  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.213818  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1416  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08860  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00968271  normal  0.0225487 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>