112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0047 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  97.56 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0002  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0057  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.194543  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0053  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.30391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t05  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0049  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1779  Integrase catalytic region  100 
 
 		 1137 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.182461 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0009  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000649352 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0019  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>