198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0029 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  97.83 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>