111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0045 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0029  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00115694  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2987  ABC transporter related  96.3 
 
 		 1668 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223105 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.356766  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.263748  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1310  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000178141  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0010  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.41127  normal  0.578821 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>