111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0008 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0009    100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0054  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000595128  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  86.44 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0024  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1333  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00705327  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>