252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_R0053 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0032  tRNA-Arg  93.48 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  96.97 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0800  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  54  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000572817  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  92.11 
 
 
70 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  91.67 
 
 
79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  96.3 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>