295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0004 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6004  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0060  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.864941  normal  0.898441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0009  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.702831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>