295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0006 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  97.01 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  97.01 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  97.01 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  97.01 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  94.03 
 
 
77 bp  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  93.22 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  93.75 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  88.71 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  86.96 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  86.96 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  93.33 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  87.1 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  91.11 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  91.11 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>