87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4575 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0012  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0629  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.189298  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0029  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925034  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0020  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000342392  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309279  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.903722  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt18  tRNA-Gly  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0037  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0012  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0040  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0022  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.997885  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0060  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000474185  normal  0.472948 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309103  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0620243  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309135  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309215  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.266005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309176  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0054  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>