227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0041 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0045  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.249789 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0777  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0772068  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0041  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.335788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0026  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.198088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>