222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_R0133 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0025  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00108542  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0145  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00165152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0014  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000540924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0014  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0126  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0596  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000852456  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.249196  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2235  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000206956  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2189  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0463741  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t096  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0093  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.879368  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0045  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00194013  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0025  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0513291  unclonable  0.00000384252 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0081  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000149599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314854  hitchhiker  0.00756038 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.303515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.160787  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>