129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0126 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_R0126  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558638  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0014  tRNA-Arg  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000540924  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0145  tRNA-Arg  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00165152  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0025  tRNA-Arg  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00108542  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0014  tRNA-Arg  98.63 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  94.03 
 
 
77 bp  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  83.12 
 
 
79 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  84.38 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0470  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0035  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000956793  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  96.3 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  96.3 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  96.3 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  96.3 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1916  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000828574  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0005  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000179229  normal  0.648072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0022  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000998833  hitchhiker  0.000594977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0059  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000552358  normal  0.693628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3111t  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0051  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00938855  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0007  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00099613  hitchhiker  0.000158126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0014  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192391  hitchhiker  0.00313386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0055  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.290237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0079  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000309524  normal  0.0982951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0098  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000369381  normal  0.163162 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0017  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>