187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_R0018 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0014  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000540924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0014  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0145  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00165152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0025  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00108542  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0126  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0006  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.500837  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>