186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_R0145 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00108542  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0145  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00165152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000540924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0126  tRNA-Arg  98.63 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558638  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000204171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0896  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000379192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0894  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000354268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4270  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.97355e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0895  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000337505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4269  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.7764e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000106341  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108467  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127742  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4268  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000271712  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4267  tRNA-OTHER  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000305369  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2235  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000206956  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0596  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000852456  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2189  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0463741  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t096  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0045  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00194013  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>