296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_R0089 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 79 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0187  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 65 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>