299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna022 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  143  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 80 bp  105  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0034  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0011  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0234667  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0023  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>