124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0058 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0083  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  98.21 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09170  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.155256 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0018  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.594748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0029  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0023  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0073  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  85.96 
 
 		 324 bp  50.1  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.213818  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0037  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0042  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000949792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0007  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0009  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0012  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0108996  unclonable  0.0000000137138 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1390  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>