240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna13 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0083  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000950748  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0049  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>