127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0022 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 75 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0015  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0091  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0234667  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  84 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>