132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0014 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  143  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  143  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  143  6e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 75 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  98.59 
 
 		 72 bp  133  6e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 75 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 75 bp  127  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  94.37 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0015  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0008  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0091  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27110  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0061  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0051  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.23821 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0010  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0060  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.443349 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6629  hypothetical protein  100 
 
 		 894 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000250395  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>