127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0028 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27110  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0049  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0051  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.23821 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0060  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530052  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>