121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0028 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0053  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.30391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0057  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.194543  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0002  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0011  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  6.87033e-26  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0026  tRNA-OTHER  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.826255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>