More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4564 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  98.11 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0027  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000602514  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0029  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>