168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0056 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0040  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000151754  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0023  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>