298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0003 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  95.16 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0034  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.904479  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0045  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.732814 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0032  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0044  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.4333  hitchhiker  0.000000000614004 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0055  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.763699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2735  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>