100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0034 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.904479  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0012  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0108996  unclonable  0.0000000137138 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2735  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0044  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.4333  hitchhiker  0.000000000614004 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0004  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.468205  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0033  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0040  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0001  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000193558  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0011  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0234667  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0004  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00400024  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000884624  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0010  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0798313  hitchhiker  0.000168441 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.581803  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0011  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000243193  normal  0.203474 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1761  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1468  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000158642  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0624  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00406719  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>