38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0055 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.763699  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0029  tRNA-Arg  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0809  tRNA-Arg  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.770269  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  94.29 
 
 
75 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  92.86 
 
 
74 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  92.86 
 
 
74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  92.86 
 
 
80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  93.55 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>