195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA30 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0014  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0126  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0014  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000540924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0025  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00108542  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0145  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00165152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>