297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4582 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  92.54 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  92.54 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  87.01 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  86.49 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  87.01 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  96.97 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  84.51 
 
 
77 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 
65 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0080  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000892211  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0079  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000089994  decreased coverage  0.0000000414359 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.696589  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  96.67 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg03  tRNA-Arg  100 
 
 
80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0078  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000877536  decreased coverage  0.0000000448266 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.75632  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1745  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0777  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0772068  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  84.62 
 
 
79 bp  50.1  0.00008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t25  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R68  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000247988  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R69  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000230039  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R70  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000026537  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  83.33 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0005  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>