188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0586 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.75632  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1745  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0777  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0772068  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1052  tRNA-Arg  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.270122  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  95.38 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0800  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000572817  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0044  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0470  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000206641  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0137  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000570395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00382598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0125  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0119  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289401  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0133  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0144  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0778877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0032  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0023  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.328599  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0729  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000540924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0145  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00165152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00108542  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>