297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0029 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0038  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0023  tRNA-Arg  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.328599  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>