297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR_t05 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  96.61 
 
 
77 bp  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.49 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  96.49 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  95 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  97.83 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  89.55 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  89.55 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg03  tRNA-Arg  87.84 
 
 
80 bp  75.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0080  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000892211  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0079  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000089994  decreased coverage  0.0000000414359 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  89.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  89.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  89.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0078  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000877536  decreased coverage  0.0000000448266 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  88.06 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  88.06 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0029  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000030616  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0028  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000292353  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0027  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000312011  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0049  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0030  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000300498  normal 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  91.49 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0059  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000542339  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t087  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t088  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t089  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0065  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00979442  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000251633  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0048  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000258429  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0050  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000285185  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0042  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000133594  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0044  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000151065  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098167  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0048  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>