295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0048 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  92.54 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  90.54 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  90.54 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  90.54 
 
 
79 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  91.04 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  86.15 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0187  tRNA-Arg  86.11 
 
 
78 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  84.51 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t100  tRNA-Arg  85.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>