100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna2 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06650  tRNA-Met  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0162553  normal  0.0748507 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0025  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138308 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09430  tRNA-Met  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0072  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18023  normal  0.42489 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0001  tRNA-Met  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.699138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0004  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0763324 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0054  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000606441  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0007  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0005  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0060  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000123741  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0059  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000522849  normal  0.720074 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0061  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000126169  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0058  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000626368  normal  0.708619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0062  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000112705  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0006  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0064  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000484105  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0045  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0057  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000607595  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0045  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.499145 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0047  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0047  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>