145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0002 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0571  tRNA-Met  88.71 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0002  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  84.42 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  85.71 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0007  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  90.24 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0008  tRNA-Met  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.745239  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  93.75 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0009  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000249848  normal  0.901496 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  83.1 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.428746  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5643  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5714  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00325098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0703604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000227383  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.426749  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0014391  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.182943  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000945265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0663179  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1568  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1603  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.840001 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1800  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.21567e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1806  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000532501 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0110  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00436648  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0121  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0370837  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0002  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0009  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  88 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>