63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0009 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000249848  normal  0.901496 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0060  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.203868  normal  0.918224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet01  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.372552  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0032  tRNA-Asn  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25038  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0097  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00090  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00170  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  88.1 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>