250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0011 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0008  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.745239  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  95 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  95 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  95 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  95 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  91.55 
 
 
79 bp  93.7  6e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  90.54 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.83 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0052  tRNA-Met  94.83 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.52519  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0052  tRNA-Met  94.83 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0029  tRNA-Met  91.89 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0008  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  88.31 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0026  tRNA-Met  88.31 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.963171  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  93.88 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R17  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0565  tRNA-Met  92.31 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0027  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  87.84 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0083  tRNA-Met  87.01 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000161068  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  87.01 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  91.84 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0034  tRNA-Met  89.47 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.029342  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  97.22 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0036  tRNA-Met  89.8 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000582782  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  96.88 
 
 
76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0017  tRNA-Met  89.58 
 
 
78 bp  56  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000739472  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  85.71 
 
 
74 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  86.57 
 
 
76 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.96 
 
 
80 bp  50.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  85.96 
 
 
79 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  85.96 
 
 
80 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.715825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>