151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0060 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0008  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0008  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.745239  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0026  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.963171  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0029  tRNA-Met  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0083  tRNA-Met  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000161068  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0034  tRNA-Met  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.029342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  90.14 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0036  tRNA-Met  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000582782  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0042  tRNA-Met  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0015  tRNA-Met  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012371 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt02  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00232285  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0006  tRNA-Met  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0204099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0016  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000153982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0016  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000169837  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0037  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0034  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.171102  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0043  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0013  tRNA-Met  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227185  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0028  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0052  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0052  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.52519  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0032  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt06  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00593265  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.860787  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0017  tRNA-Met  91.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000739472  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0033  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00239768  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0649  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000525296  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0682  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000249623  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0038  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0589  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0041  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000311146  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0064  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.187513  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0117  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 108 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.423133  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R17  tRNA-Met  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0565  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0072  tRNA-Met  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.916606  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>