More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna54 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>