176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0072 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0072  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.916606  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0018  tRNA-Met  98.61 
 
 		 73 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0051  tRNA-Met  97.22 
 
 		 73 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0053  tRNA-Met  97.22 
 
 		 73 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.796609 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0016  tRNA-Met  97.3 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  98.46 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0047  tRNA-Met  97.26 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.921613  normal  0.522755 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0010  tRNA-Met  97.26 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159974  normal  0.242309 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  95.83 
 
 		 73 bp  119  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0010  tRNA-Met  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  93.06 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0068  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0052  tRNA-Met  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.959791  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0010  tRNA-Met  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0053  tRNA-Met  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0013  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  87.93 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  87.1 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  84.93 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  85.51 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0495998  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  87.5 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0183484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  87.5 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0013  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227185  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>